Desde a sua formação, o Programa de Pós-Graduação em Economia Aplicada da UFOP está em colaboração temporária e irrestrita com o Programa de Pós Graduação em Economia do Cedeplar - Centro de Desenvolvimento e Planejamento Regional da UFMG - nota 6 na última avaliação Quadrienal da CAPES (2017). No início de 2018 foi aprovada a extensão da mesma colaboração junto ao Programa de Pós-Graduação em Demografia do mesmo Centro, nota 7 na mesma Quadrienal / CAPES. Tal parceria prevê: coorientações de dissertações junto aos Professores do CEDEPLAR/ UFMG e PPEAUFOP; oferta conjunta de disciplinas eletivas; utilização de infraestrutura física (bibliotecas, laboratórios); estabelecimento de parcerias e projetos conjuntos em pesquisas e publicações.